Продукты метаболизма могут временно накапливаться в гиалоплазме и формировать включения эндо- или экзогенного происхождения.

Клеточные включения — необязательные компоненты клетки — по функции делятся на секреторные, экскреторные, трофические и пигментные.

По биохимическому составу они бывают белковые, углеводные, липидные и смешанные.

Секреторные включения формируются из секретируемой клетки биологически активных продуктов (проферментов, гормонов и др.), имеют форму пузырьков, окруженных мембраной.

Экскреторные включения сходны по строению с секреторными, но их пузырьки содержат вредные продукты метаболизма, подлежащие удалению из клетки.

Трофические включения в зависимости от накапливаемого продукта классифицируют на белковые, углеводные и липидные. Из углеводных наиболее распространен гликоген (полимер глюкозы), который формирует в гиалоплазме скопления плотных гранул и используется клеткой в качестве энергетического источника. Липидные включения имеют форму отдельных липидных капель или сливающихся вместе, формируя крупные вакуоли. В них содержатся вещества, используемые для последующих синтетических и энергетических нужд клетки.

Пигментные включения формируют в гиалоплазме мембранные гранулы или скопления диффузных мелких плотных частиц пигментов, которые могут попадать в клетку экзогенно (пылевые частицы, красители, каротин и др.) или эндогенно (синтезироваться самой клеткой), например гемоглобин эритроцитов, меланин пигментных клеток, липофусцин старых клеток и т.д. Эндогенные пигментные включения выполняют в клетке определенные функции (например, гемоглобин переносит кислород из крови в ткани).